Un grapat de terra conté milers d'espècies de microbis, i la majoria no s'han pogut cultivar mai al laboratori. Per estudiar-les, els científics seqüencien tot l'ADN de la mostra de cop, la metagenòmica, i després intenten assignar cada fragment a un organisme comparant-lo amb catàlegs de seqüències conegudes. Molts fragments no s'hi assemblen a res i queden sense classificar: és el que s'anomena «matèria fosca microbiana».
Un equip de la Universitat Hebrea de Jerusalem, encapçalat per Amir Erez i Omri M. Finkel, amb col·laboradors de la Universitat de Haifa i de l'Institut Volcani, ha publicat a *Nucleic Acids Research* BBERT, un model d'IA de l'estil dels models de llenguatge entrenat amb ADN bacterià. En lloc de buscar coincidències en un catàleg, mira fragments d'uns 100 nucleòtids i decideix si són d'un bacteri, si formen part d'un gen que codifica una proteïna i en quina pauta de lectura. Segons la universitat, que el va presentar el 29 d'octubre, encerta un 90% dels casos en la primera tasca, un 88% en la segona i un 96% en la tercera. Aplicat a 1.969 conjunts públics de dades de sòl, va classificar molts fragments que una eina de comparació habitual deixava en blanc.
També fa més ràpida la reconstrucció de genomes. En mescles simulades, el temps mitjà per conjunt de dades va baixar d'unes 66 hores a 25, i es va conservar un 96% de la cobertura dels genomes bacterians; amb ADN de nòduls d'arrels de lleguminoses, el temps es va reduir a la meitat i la memòria màxima va passar de 188 a 82 gigabytes. Funciona en un ordinador personal amb una targeta gràfica adequada. A més, els autors han vist que els fragments sense funció coneguda tenien més probabilitats de no ser bacterians, cosa que indica que aquesta matèria fosca té orígens diversos, no només bacteris desconeguts.
L'eina té errors coneguts: se li escapen alguns fragments bacterians, en classifica d'altres com a bacterians sense ser-ho, confon l'ADN dels cloroplasts de les plantes amb el dels bacteris i distingeix malament els bacteris de les arquees. A més, en la reconstrucció de genomes de nòduls es va perdre una part de la informació bacteriana. Els autors la presenten com un complement de les eines actuals, no com un substitut.