Les cèl·lules d'un embrió es parlen mitjançant senyals químics que arriben a través de vies de senyalització i canvien quins gens s'activen. Reconstruir quins senyals ha rebut una cèl·lula al llarg del temps ajudaria a entendre com es formen els teixits i com apareixen algunes malalties. Fins ara es donava per fet que els efectes de cada via variaven segons el tipus de cèl·lula, i això obligava a cartografiar cada via per separat en cada tipus.
Un equip dirigit per Pulin Li, professora ajudant de biologia al MIT i membre del Whitehead Institute, amb l'estudiant de doctorat Nicholas Hutchins, ha publicat a la revista revisada per parells *Nature Methods* un estudi que ho qüestiona. Han observat que cada via de senyalització deixa una empremta característica en l'activitat dels gens i que aquesta empremta es manté en tipus de cèl·lula diferents. Hi han construït IRIS, una xarxa neuronal que llegeix l'activitat global dels gens d'una cèl·lula i calcula quines vies es devien activar i en quin moment. Gràcies a l'aprenentatge per transferència, també funciona amb tipus de cèl·lula que no havia vist en l'entrenament.
Per entrenar-lo van fer servir un gran conjunt de dades sobre com responien milers de cèl·lules mare embrionàries humanes a desenes de combinacions de sis vies importants, en diverses etapes. Després el van provar amb cèl·lules soles d'embrions de ratolí en la gastrulació i va predir quan i on s'activaven les vies en les que acabaran sent cor, intestí, múscul i medul·la espinal. El model també va assenyalar quina via calia activar per obtenir un tipus de cèl·lula clau del pulmó, i els experiments en embrions de ratolí ho van confirmar.
El text del MIT no dona taxes d'encert, de manera que no es pot quantificar com de bones són les prediccions. L'entrenament es va fer amb cèl·lules humanes i la validació principal, amb ratolí, i els usos que s'apunten —enginyeria de cèl·lules mare, organoides, models de malalties i teràpies per a l'asma, el càncer de pulmó o la fibrosi pulmonar— són possibilitats futures i no resultats demostrats.